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Absteiger von der Regionalliga Süd 1999/2000: FC Augsburg, SG Quelle Fürth, SV Lohhof

Bayernliga Abschlußtabelle 1999/2000
Platz Verein Spiele g u v Tore   Tore Diff. Plus
1 SSV Jahn Regensburg 34 23 5 6 85 : 38 47 74
2 SpVgg Stegaurach 34 19 6 9 80 : 48 32 63
3 1. SC Feucht 34 19 6 9 60 : 37 23 63
4 FC Bayern Hof 34 17 9 8 70 : 32 38 60
5 1. FC Nürnberg II 34 13 14 7 60 : 44 16 53
6 SpVgg Weiden 34 14 9 11 45 : 35 10 51
7 TSV Aindling 34 13 12 9 50 : 47 3 51
8 SpVgg Jahn Forchheim 34 15 3 16 56 : 60 -4 48
9 SC 04 Schwabach 34 12 9 13 46 : 41 5 45
10 SpVgg Ansbach 09 34 12 8 14 58 : 57 1 44
11 FC Starnberg 34 12 7 15 49 : 50 -1 43
12 FC Memmingen 34 11 10 13 50 : 52 -2 43
13 Würzburger FV 34 11 10 13 65 : 75 -10 43
14 TSV Schwaben Augsburg 34 13 3 18 48 : 74 -26 42
15 FC Kempten 34 10 9 15 34 : 66 -32 39
16 SpVgg Landshut 34 11 5 18 56 : 55 1 38
17 SC Weismain 34 8 8 18 42 : 70 -28 32
18 1. FC Passau 34 2 9 23 28 : 101 -73 15

Aufsteiger von der Landesliga 1999/2000: 1. FC Sand, ASV Neumarkt, FC Ismaning, MTV 1881 Ingolstadt

Der SSV Jahn Forchheim steigt aus der Bayernliga wegen finanzielle Gründe freiwillig ab, der FC Kempten bleibt in der Bayernliga.

Relegationsspiele:
SpVgg Landshut - 1. FC Kötzting 2:2 n.V. 5:3 i.E.
SpVgg Bayreuth - MTV 1881 Ingolstadt 0:6
SpVgg Landshut - MTV 1881 Ingolstadt 1:2